using System;

using Newtonsoft.Json;

using System.Collections.Generic;

using System.Linq;

public class Program

{

    public static void Main()

    {

        var json = "[{'idPermiso':1,'nombre':'Catálogos','idUsuario':11478,'email':'labm'},{'idPermiso':2,'nombre':'Remediación','idUsuario':11478,'email':'labm'},{'idPermiso':1,'nombre':'Catálogos','idUsuario':12338,'email':'BGARCIA'},{'idPermiso':2,'nombre':'Remediación','idUsuario':12338,'email':'BGARCIA'}]";

        var permisos = JsonConvert.DeserializeObject<IEnumerable<Permiso>>(json);       

        var usuarios = permisos.GroupBy(item => item.IdUsuario, 

              (key, group) =>  new Usuario { IdUsuario = key, Email = group.FirstOrDefault().Email  ,  Permisos = group.ToList()})

     .ToList() ;

        foreach(var u in usuarios){

            u.Dump();

        }

    }

}

​

public class Usuario{

    public long IdUsuario{get;set;}

    public string Email {get;set;}

    public IEnumerable<Permiso> Permisos {get;set;}

}

​

​

public class Permiso{

    public long IdPermiso {get;set;}

    public string Nombre {get;set;}

    public long IdUsuario {get;set;}

    public string Email {get;set;}

}