using System;

using System.Text.RegularExpressions;

public class Program

{

    public static void Main()

    {

        const string MsgErro = "CONTA (51003A) (51004888) HEADER NAO (51002) ENCONTRADA !!! (51003)";

        const string numeroEntreParenteses = @"^.*?\((\d+)\).*$";

        var match = Regex.Match(MsgErro, numeroEntreParenteses);

​

        Console.WriteLine(match.Success ? match.Groups[1].Value : "CÓDIGO NÃO ENCONTRADO");

    }

}